酵母双杂交是常用的实验技术，用于研究蛋白质之间的相互作用。在酵母双杂交中，常用的酵母菌种包括以下几种：

    Saccharomyces cerevisiae（酿酒酵母）：这是最常用的酵母菌种之一，广泛应用于生物学研究。它具有较好的遗传工具和基因组数据库资源，使其成为酵母双杂交的首选菌种。

    Schizosaccharomyces pombe（裂殖酵母）：裂殖酵母也是一种常用的酵母菌种。它与酿酒酵母相比在细胞周期、细胞分裂和基因表达等方面有一些差异，因此在特定研究中可能更适合使用。

    Candida albicans（白色念珠菌）：白色念珠菌是一种人类病原真菌，也被用于酵母双杂交研究。它可引起人类感染，因此对于研究宿主-病原关系以及蛋白质相互作用在感染过程中的作用具有重要意义。

    除了上述常用的酵母菌种，还有其他一些酵母菌种也被应用于双杂交研究，如Yarrowia lipolytica（脂肪酵母）、Kluyveromyces lactis（乳酸酵母）等。选择酵母菌种时，需要根据具体研究目的、菌种特性和实验条件来决定使用哪种菌种。