基因合成的长度上限没有绝对标准，会因技术和具体需求而有所不同。

    从技术层面来看，化学法合成单步合成效率虽然已高达 99.8%，但长度通常被限制在 200-300nt，更长的基因或基因组则需要通过寡核苷酸片段的酶促组装或体内组装获得。酶促合成技术可从头合成较长的寡核苷酸，如 Ansa Biotechnologies 曾成功从头合成了 1005 个碱基的 DNA 序列，这是目前报道的单次合成最长的寡核苷酸，但该技术成本高，尚未实现大规模商业应用。

    在商业层面，金斯瑞表示可为客户合成长达10kb及以上的基因序列，且已挑战合成成功长达 200kb 的基因。Ribbon Biolabs 目前可无障碍地合成长达 20kb 的 DNA。

    目前已报道的较长人工合成酵母染色体方面，成功实现了酿酒酵母十二号染色体的人工设计与合成，该染色体全长为976,067个碱基，是当时世界上发现的最长真核线性染色体。2023 年 11 月，Jef D. Boeke、戴俊彪、Yasunori Aizawa 课题组合作报道人工合成了迄今为止最长真核生物染色体，长度为 1,454,621bp。