固相载体在siRNA合成中起到什么作用?不同载体树脂对siRNA合成的长度和修饰兼容性有何差异?
在siRNA(小干扰RNA)的固相合成中,固相载体(通常为特定修饰的树脂)是核心支撑材料,其核心作用是通过“共价结合”锚定siRNA的起始核苷酸,实现合成过程的“固相化”——即所有反应在载体表面进行,同时便于中间产物的分离纯化,最终保障siRNA合成的高效性、纯度和可控性。而不同载体树脂的结构特性(如连接臂长度、化学稳定性、负载量)差异,会直接影响可合成siRNA的长度上限及对各类修饰(如碱基修饰、末端修饰)的兼容性,具体分析如下:
一、固相载体在siRNA合成中的核心作用
siRNA合成采用“逐步延伸”的化学合成策略(类似DNA/RNA固相合成),固相载体的作用贯穿合成全流程,主要包括以下4个维度:
1.锚定起始核苷酸,提供合成“起点”
siRNA合成通常从3'端向5'端延伸,固相载体表面修饰有特定的化学活性基团(如羟基、氨基或酯基),可与第一个核苷酸(siRNA的3'端核苷酸)的5'端或3'端通过“可切割连接臂”形成共价键,将起始核苷酸牢固锚定在载体表面。这种锚定确保后续每一步核苷酸添加反应(缩合反应)都围绕载体进行,避免起始片段游离导致合成失败。
2.实现“固相反应”,简化分离纯化
固相合成的核心优势在于“反应-洗涤”的循环可控性:每添加一个核苷酸(即完成一次缩合、氧化、脱保护反应)后,只需用特定溶剂(如乙腈)冲洗载体,即可快速去除未反应的单体(如保护基修饰的核苷酸)、副产物(如活化剂残留)和杂质,无需通过复杂的柱层析或沉淀分离中间产物。这种操作不仅大幅缩短合成周期,还能减少中间产物的损失,提升最终siRNA的产率。
3.保护siRNA片段,减少降解风险
载体表面的连接臂(连接载体与核苷酸的化学链)通常具备“暂时稳定性”——在合成过程中(如多次脱保护、氧化反应中)能保持稳定,避免siRNA链过早从载体上脱落;仅在合成完成后,通过特定的切割条件(如酸性条件、碱性条件或酶解)才能断裂,释放完整的siRNA片段。这种“可控切割”特性,可保护合成中的siRNA链不被反应体系中的杂质(如微量水、酸性物质)降解,保障片段完整性。
4.控制合成效率,保障产物均一性
优质的固相载体具有均匀的“负载量”(即单位重量载体可锚定的起始核苷酸数量)和良好的“空间位阻兼容性”:一方面,均匀的负载量能确保每个载体颗粒上的siRNA合成速率一致,减少“短片段杂质”(如未完全延伸的截短siRNA)的产生;另一方面,载体表面的空间结构(如连接臂长度)可减少相邻合成链之间的空间排斥,确保后续核苷酸单体能顺利与延伸链末端结合,提升每一步缩合反应的效率(通常要求缩合效率>99%,否则会积累大量杂质)。
二、不同载体树脂对siRNA合成长度及修饰兼容性的差异
siRNA合成常用的载体树脂主要分为聚苯乙烯-二乙烯苯树脂(PS-DVB树脂)、可控孔度玻璃树脂(CPG树脂)及衍生的“高负载型树脂”,三者的结构差异直接导致其在siRNA长度适配性和修饰兼容性上的显著不同,具体表现如下:
1.聚苯乙烯-二乙烯苯树脂(PS-DVB树脂):适用于短链siRNA,修饰兼容性中等
PS-DVB树脂是传统的核酸合成载体,由聚苯乙烯与二乙烯苯交联形成多孔颗粒,表面通过化学修饰引入连接臂。其特性决定了它的适用场景:
对siRNA长度的适配性:更适合合成短链siRNA(通常为19-23bp,即siRNA的常规长度)。原因是PS-DVB树脂的交联结构导致其内部孔径较小(通常<10nm),且载体表面的空间位阻相对较大——当siRNA链延伸至25bp以上时,链的柔韧性下降,相邻延伸链之间的空间排斥会显著增加,导致后续核苷酸的缩合效率大幅降低(可能从>99%降至95%以下),积累大量截短片段(如20-22bp的杂质),最终无法获得高纯度的长链siRNA。
对修饰的兼容性:中等兼容常规修饰,但对“大体积修饰”或“多修饰位点”兼容性有限。PS-DVB树脂的连接臂通常较短(如C1-C6连接臂),且表面化学环境相对疏水,对于常规修饰(如5'端磷酸化、碱基上的甲基修饰(m⁵C、m⁶A)),可正常进行缩合反应;但对于大体积修饰(如3'端胆固醇修饰、荧光基团(如Cy3/Cy5)修饰)或多修饰位点(如一条链上同时有3个以上碱基修饰),大体积基团会加剧空间位阻,导致修饰单体无法有效结合到延伸链末端,或结合后影响后续核苷酸的添加,降低合成效率。
2.可控孔度玻璃树脂(CPG树脂):适用于中长链siRNA,修饰兼容性更优
CPG树脂是以玻璃为基质,通过化学蚀刻形成“可控孔径”(通常为50-100nm)的多孔载体,表面修饰有硅烷化连接臂。其结构优势使其在长度和修饰兼容性上显著优于PS-DVB树脂:
对siRNA长度的适配性:可合成更长的siRNA(常规19-23bp,甚至可延伸至25-30bp)。核心原因是CPG树脂的“大孔径”结构——50-100nm的孔径能为延伸的siRNA链提供充足的空间,减少相邻链之间的空间排斥;同时,CPG树脂的表面更光滑,连接臂(通常为长链硅烷连接臂,如C12连接臂)可将siRNA链“撑开”,进一步降低空间位阻,即使链长达到25-30bp,缩合效率仍能维持在98%以上,减少截短杂质的产生。不过,当siRNA长度超过30bp时,链的刚性增加,仍可能因末端无法接触单体导致合成效率下降,因此极少用于30bp以上的超长长链siRNA合成。
对修饰的兼容性:兼容绝大多数siRNA修饰,包括大体积修饰和多修饰位点。CPG树脂的表面为亲水性(玻璃基质特性),且连接臂更长,能更好地容纳大体积修饰基团(如3'端的生物素、PEG修饰,5'端的磷酸硫代修饰)——这些修饰基团不会因空间拥挤影响缩合反应;同时,CPG树脂的化学稳定性更高(耐酸性、耐氧化性优于PS-DVB树脂),可耐受修饰过程中所需的特殊反应条件(如某些碱基修饰需要的强脱保护剂),因此广泛用于需要复杂修饰的siRNA合成(如用于体内实验的、带靶向递送修饰的siRNA)。
3.高负载型树脂(如高负载CPG、PS-DVB树脂):适配高产量需求,长度与修饰兼容性受负载量影响
高负载型树脂是通过优化载体表面修饰工艺,提升单位重量载体的“核苷酸负载量”(常规树脂负载量为20-40μmol/g,高负载树脂可达60-100μmol/g),主要用于需要高产量siRNA的场景(如工业级生产)。其长度和修饰兼容性需结合负载量权衡:
对siRNA长度的适配性:高负载量会增加载体表面的“链密度”(即单位面积上锚定的siRNA链数量),因此长度适配性略低于普通负载树脂——例如,普通CPG树脂可合成30bp的siRNA,而高负载CPG树脂因链密度增加,空间排斥更明显,通常建议合成长度不超过25bp,否则易出现缩合效率下降。
对修饰的兼容性:若修饰基团体积较大(如PEG2000修饰),高负载树脂的链密度会加剧修饰基团之间的空间冲突,导致修饰效率降低;因此,高负载树脂更适合“小体积修饰”(如甲基修饰、磷酸硫代修饰)的siRNA合成,若需大体积修饰,需选择“低负载高负载树脂”(负载量40-60μmol/g),在产量与兼容性之间平衡。
固相载体的选择是siRNA合成的关键决策:若合成常规长度(19-23bp)、无复杂修饰的siRNA,普通PS-DVB树脂即可满足需求;若需合成较长(25-30bp)或带复杂修饰(如靶向修饰、荧光修饰)的siRNA,需优先选择CPG树脂;若需高产量合成,可选用高负载树脂,但需根据修饰体积调整负载量,避免空间位阻影响合成效率。
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