CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是一种高效、灵敏的染色质分析技术，专门用于在全基因组范围内精确定位蛋白质与DNA的结合位点，例如组蛋白修饰（如H3K4me3、H3K27ac）或转录因子（如p53、CTCF）的结合区域。与传统的ChIP-seq相比，CUT&Tag在完整细胞核内完成反应，避免了交联和超声破碎步骤，从而显著降低了背景噪音，提高了信噪比，并且仅需几百个细胞即可获得高质量数据。

    实验的核心在于利用特异性抗体识别目标染色质结合蛋白，随后加入Protein A/G与高活性Tn5转座酶的融合蛋白。该Tn5预先加载了测序接头，在抗体富集的位置附近对染色质进行切割并同时插入接头，实现“靶向片段化与标记”一体化。之后通过简单的PCR扩增即可直接构建测序文库，省去了传统ChIP中繁琐的纯化和连接步骤。

    在数据分析方面，CUT&Tag的快速分析流程通常从原始测序数据的质量控制开始，使用FastQC等工具评估读段质量。随后将高质量读段比对到参考基因组（如hg38或mm10），常用Bowtie2或BWA完成。由于CUT&Tag背景极低，许多情况下无需输入对照（Input）即可进行峰识别。此时推荐使用专为低背景设计的SEACR算法，它基于信号强度排序和经验阈值直接调用富集区域，操作简单且结果可靠。若实验包含IgG阴性对照，则也可使用MACS2等传统工具进行差异峰分析。

    最终获得的峰文件可用于注释（如关联启动子、增强子）、可视化（如IGV浏览器查看特定基因座信号）或整合其他组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq）进行多组学联合解析。整个从实验到初步结果的周期可短至2–3天，非常适合快速验证染色质状态变化、筛选关键调控元件或在稀有样本（如原代细胞、临床样本）中开展表观遗传研究。

    CUT&Tag凭借其操作简便、起始量低、信噪比高和数据分析快捷等优势，已成为当前染色质互作研究中的首选方法之一。