代谢组学是研究生物体在代谢水平上的全面分析，并通过大规模数据的获取与分析来揭示生物体的代谢特征。以下是一些常用的代谢组学软件和数据库：

    代谢组学软件：

    XCMS：用于代谢组数据预处理、信号校正、特征提取和比较等，具有较高的数据处理能力。

    MetaboAnalyst：一个综合的代谢组学数据分析平台，提供了从预处理到生物解释的全面功能。

    MZmine：开源的代谢组学软件，用于数据预处理、特征提取、标注和统计分析等。

    CAMERA：用于质谱代谢组学数据的化合物注释和生物标记物识别的工具。

    MetaboLights：EMBL-EBI的开放访问代谢组学数据库，包含了大量的代谢组学数据以及相应的元数据和分析结果。

代谢组学数据库：

    Human Metabolome Database (HMDB)：一个包括人类代谢产物信息的综合数据库，提供了详尽的代谢产物描述和相关数据。

    Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)：一个广泛应用的代谢通路数据库，提供了多种生物体的代谢组学数据和通路信息。

    MetaboLights：前面已经提到的代谢组学数据库，其中包含了各种生物体的代谢组学数据。

    Small Molecule Pathway Database (SMPDB)：一个系统整合和展示小分子代谢通路信息的数据库，提供了详细的代谢途径和相关数据。

    这些软件和数据库在代谢组学研究中发挥着重要的作用，可以帮助研究人员对代谢组学数据进行预处理、分析、注释和解释。根据具体的研究目的和数据需求，选择合适的软件和数据库进行使用。此外，代谢组学领域还有其他一些软件和数据库，可以根据具体需求进行进一步的了解和探索。